金年会前身為江蘇省南通航運學校。

開辦時期，艱苦創業（1960.4-1966.5) 國家三年困難時期，學校辦學境況十分艱難，當時，隻有四排簡陋的平房，幾十張東拼西湊的床櫈，室内家徒四壁，室外到處瓦礫土漿。許多學生打着地鋪睡覺、壘磚代凳上課，露天蹲着吃飯。不少老師在漏雨的房子裡撐着傘辦公。面對極其艱苦的環境，師生們以堅韌的毅力，勤勞的雙手，像推着足載的大車一樣，埋着頭，摒住氣，一步一步向前邁進，終于戰勝了一個又一個困難。到1966年初夏，學校的基本條件發生了明顯的變化。占地面積由建校時的 15.33畝增加到26.87畝；建築面積由1324M²增加到5205M²；專業設置由2個（河船駕駛、河船輪機管理）增加到4個（河船駕駛、河船輪機管理、駕機合一、水運管理）；教職工由41人增加到69人。這一時期，學校的性質和培養目标也幾經變遷。1961年10月，學校曾改名為南通河運技工學校。1964年11月，又改為半工半讀中級技術學校，直到1965年5月才恢複原校名南通河運學校。

“文革”時期，學校混亂（1966.5-1976.10) 1966年5月起，“文化大革命”席卷全國，學校由此陷入了極度困頓的時期。由于“文革”内亂，學校自1966年後連續7年未招生，6年無畢業生，直到1973年1月經省革委會批準才恢複招生。1973年-1976年，學校共招生498人，開辦短訓班5期，培訓學員198名。專業設置4個：河船駕駛、河船輪機管理、駕機合一、港口裝卸機械。

改革前期，穩步發展（1976.10-1989.12) 1976年10月黨中央一舉粉碎“四人幫”，學校着手拔亂反正，恢複和建立正常的教學秩序。1978年12月，黨的十一屆三中全會召開，圍繞全黨工作重點的轉移，學校工作重點轉移到以教學為中心的軌道上來，并采取了一系列行之有效的措施，使各項建設得到了穩步發展。1977年-1989年共招生3278名，培養畢業生2674名，專業設置增加到7個，教職工人數由1976年底的97人增加到1989年的284人。辦公樓，教學輔助樓、師生宿舍樓、食堂、圖書館等設施相繼竣工。建成實驗室10個，陳列室、語音室、實習工廠各一個，教練船4條（共242.1噸），圖書館藏書8500冊。1982年，學校被評為江蘇省群衆體育先進集體，1984-1988年連續五年被評為市級文明單位，1985年被評為全省交通系統文明單位。有3名教師被交通部授予優秀教師稱号，1名學生被命名為全國新長征突擊手。1984年起，學校以“三個面向”為指導，圍繞“多出人才、出好人才”這一目标，在辦學形式、教學方法、助學金制度、食堂與工廠管理等方面進行了試驗性的改革，取得了初步的成效，為今後改革的進一步深化創造了良好的條件。1989年1月，經省人民政府批準，學校更名為江蘇省南通航運學校，标志着專業建設重點開始由内河為主向航海為主的轉變。

深化改革 蓬勃發展（1990.1-2000.10) 曆史進入九十年代，學校的改革、建設步入了持續快速發展的最好時期。學校黨政領導帶領全校師生進一步解放思想、開拓進取，在兩個文明建設中取得了累累碩果。這一時期，學校辦學規模迅速擴大，專業設置增加到24個，在校生規模達到3500人；十年共輸送畢業生4880人，短期培訓結業學員9864名。基礎設施顯著改善。新增占地面積31155M²，新增建築面積33230M²，新增圖書資料6萬冊。建成各類實驗室35個，實習車間8個，建成比較現代化的電教中心、多媒體演播中心和校園網工程。教學改革全面推進，學校加快專業結構調整，主動适應社會經濟發展需要。主幹專業實現了從内河向航海的轉變，取得了由國家港監局簽發的10項專業培訓許可證，開發研制了多種國内領先、具有國際水平的航海模拟器，按照ISO9000質量原理，建立了航海教育與培訓質量體系。學校被編入1996年版《國際海事組織航海教育學院彙編名錄》，被亞太海事教育與培訓協會吸收為會員，與日本、新加坡、英國、越南、香港等國家和地區的交流與合作有了良好的開端，辦學水平邁上了新的台階。學校先後被批準為省部級重點中專、全國交通系統規範化中專學校和國家級重點中專。1996年起，學校被省教委确定為首批試辦高職班的試點學校之一，現已形成以高等職業教育為主體、中專與職業培訓為補充的辦學格局。十年來，學校和教職工獲得了許多榮譽，教職工有10人次獲得省部級以上的表彰，學校多次被評為市級文明單位，被評為南通市花園式單位，省群衆體育先進集體，省國防教育先進單位，省級德育先進學校、省中專文明校園，全國軍民共建社會主義精神文明先進單位。